《口袋忍者》是一款火影策略類游戲，擁有完美的忍者隊(duì)員培養(yǎng)系統(tǒng)，新穎的羈絆設(shè)定，帶領(lǐng)玩家體驗(yàn)忍者世界千奇的忍術(shù)、道具，與鳴人、佐助、卡卡西各色忍者組成隊(duì)伍，共同闖蕩豐富多彩的忍者世界。 
1、隊(duì)員：口袋忍者內(nèi)有超過(guò)150名忍者可供玩家挑選，超人氣忍者盡收如隊(duì)伍之中，忍者隊(duì)員分為4個(gè)品質(zhì)，S、A、B、C，S級(jí)最強(qiáng)，每位忍者都自帶一個(gè)天賦忍術(shù)。
2、裝備與忍術(shù)：在口袋忍者中裝備和忍術(shù)也分為四種品質(zhì)：S、A、B、C，裝備包括武器、衣服、飾品，分別增加忍者的攻擊、防御、血量。忍術(shù)分為可增加基礎(chǔ)屬性的被動(dòng)忍術(shù)和可直接施展華麗效果給予敵人重創(chuàng)的忍術(shù)。
3、歷練系統(tǒng)：歷練是隊(duì)伍獲得隊(duì)伍威望、隊(duì)員經(jīng)驗(yàn)、銀幣、裝備和忍術(shù)的主要途徑，而且會(huì)觸發(fā)奇遇獲得忍術(shù)殘卷、高人指點(diǎn)、神秘寶箱。
4、競(jìng)技系統(tǒng)：當(dāng)玩家隊(duì)伍達(dá)到5級(jí)以后，可參與競(jìng)技與其他隊(duì)伍一較高下。系統(tǒng)會(huì)根據(jù)隊(duì)伍排名每10分鐘給予隊(duì)伍相應(yīng)的積分，積分可用于兌換修煉卷，修煉卷軸可用于隊(duì)員修煉提升隊(duì)員屬性。
5、魂魄系統(tǒng)：每個(gè)忍者有對(duì)應(yīng)的魂魄，收集到一定數(shù)量的魂魄后，就可將相應(yīng)的忍者招募，成為自己的隊(duì)員。
6、奇遇系統(tǒng)：在口袋忍者內(nèi)歷練、開(kāi)啟寶箱、參與活動(dòng)等操作都有幾率觸發(fā)奇遇，奇遇有很多種，目前開(kāi)放了一樂(lè)拉面、搶奪殘卷、許愿、探險(xiǎn)。
7、搶奪殘卷：當(dāng)隊(duì)伍擁有某個(gè)忍術(shù)的殘卷后，進(jìn)入奇遇界面可以搶奪該忍術(shù)的其他殘卷，點(diǎn)擊某個(gè)殘卷查看殘卷詳細(xì)信息，搶奪殘卷需要消耗1點(diǎn)意志，戰(zhàn)斗勝利后有一定概率獲得該忍術(shù)的殘卷。
8、探險(xiǎn)：在鳴人與佐助戰(zhàn)斗過(guò)的終結(jié)之谷探險(xiǎn)，達(dá)到相應(yīng)天數(shù)可獲得高級(jí)忍術(shù)和稀有飾品。
9、許愿：擁有S級(jí)隊(duì)員后可到許愿樹(shù)下許愿，獲得S級(jí)隊(duì)員對(duì)應(yīng)的隊(duì)員魂魄，擁有許愿星可多次許愿。