《EVA:靈魂凈化》是一款類COC的策略游戲，游戲以《新世紀(jì)福音戰(zhàn)士新劇場(chǎng)版》世界觀為基礎(chǔ)，并且加入了獨(dú)一無(wú)二的原創(chuàng)劇情。這款游戲的主要情節(jié)圍繞著“SEELE”新計(jì)劃而展開(kāi)，NERV正在緊張地進(jìn)行使徒的克隆、開(kāi)發(fā)、量產(chǎn)項(xiàng)目，往日令人類及NERV受盡折磨的“第四使徒”、“第六使徒”等將被人類所用，玩家將帶著自己親手開(kāi)發(fā)并量產(chǎn)的使徒克隆品，向其他玩家統(tǒng)治的“第三新東京市”發(fā)動(dòng)攻擊演習(xí)。