《神圣天使》故事圍繞突然開啟的“門”而展開，因為門的開啟，三個不同的世界開始融合。世界融合帶來的后遺癥是十幾歲的少女們的身體開始發(fā)生異變，發(fā)展出了各種超能力和身體潛能，這些被統(tǒng)稱為“異能”。同時，主宰世界平衡的“水晶”也發(fā)生了變化，為了阻止世界覆滅，四個世界必須攜手，保護和培育這些擁有“異能”的少女?！扒嗵m學園”就是一所培育“異能”少女的校園，少女們在此磨練自我，以備危急之時能夠貢獻自己的力量。