話說在紐約市的下水道之中，居住著四只功夫高強的忍者神龜，他們夜間出動，除暴安良，成為了城市英雄。不過，英雄傳說如今只是街頭小料，在幾經(jīng)周折打敗了老對手--大惡魔施萊德之后，親如一家的忍者神龜們卻漸漸疏遠(yuǎn)，就差沒四分五裂了。與此同時，神秘的黑暗力量在似乎又開始在紐約城蔓延，神龜們的忍者老師鼠先生，越來越為此擔(dān)憂。 原來，億萬富翁、高科技巨子馬克斯·溫特斯，為了彌補自己在3000年前犯的錯誤，試圖抓住 3000年一次的九星力量，把自己在3000年前召喚出來的13只魔獸送回去，而溫特斯的四個兄弟（石人）卻想召集一支遠(yuǎn)古魔獸軍團，妄圖稱霸世界！而神龜?shù)乃迶?-紐約腳幫，也加入了溫特斯旗下，為虎作倀。這支最終形態(tài)的精英忍者們，本就隸屬施萊德掌控，如今在施萊德義女凱利的領(lǐng)導(dǎo)下，更是組織嚴(yán)明。 事到如今，只有一支超級忍者戰(zhàn)斗隊能阻止邪惡勢力，拯救地球！超級忍者鼠老師和唯一留在下水道大本營的李奧納多，必須重新齊集神龜伙伴--米開朗基羅、多納泰羅和拉斐爾，在老朋友艾普莉爾·奧尼爾和凱西·瓊斯的相助下，上天入地，再顯神龜英雄本色！