進(jìn)入遺跡山谷需要完成一系列前置任務(wù)。首先需要將圖鑒升級(jí)至386版，通過坐船前往火焰山右側(cè)山洞獲取紅寶石并交給博士換取船票，隨后才能解鎖前往七島的航線。遺跡山谷位于六號(hào)島，需先完成四號(hào)島冰洞挑戰(zhàn)獲取登瀑布技能，并在五號(hào)島收集道具觸發(fā)劇情后才能正式進(jìn)入該區(qū)域。

前往六號(hào)島后，需在PC中心與小茂對(duì)話觸發(fā)劇情線索，隨后使用間合斬砍斷島嶼南部的樹木打開通道。進(jìn)入遺跡山谷的洞穴后需按照特定路線行進(jìn)：依次選擇上、左、右、下方向移動(dòng)到底層，期間需注意避開訓(xùn)練家戰(zhàn)斗和地形障礙。成功抵達(dá)底層后將觸發(fā)藍(lán)寶石搶奪事件，這是推進(jìn)劇情的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)。

遺跡山谷內(nèi)部結(jié)構(gòu)分為多層迷宮，部分區(qū)域需要推動(dòng)巖石解謎。在洞穴最深處需與火箭隊(duì)成員對(duì)戰(zhàn)并奪回藍(lán)寶石，該戰(zhàn)斗建議攜帶等級(jí)50以上的格斗系或水系寶可夢(mèng)應(yīng)對(duì)。完成該事件后返回博士處上交寶石可解鎖新區(qū)域通訊功能，同時(shí)獲得進(jìn)入其他隱藏區(qū)域的權(quán)限。探索過程中注意攜帶足夠數(shù)量的PP恢復(fù)藥劑和解毒藥，洞穴內(nèi)野生寶可夢(mèng)以超音蝠和穿山鼠為主，建議提前準(zhǔn)備克制技能。

遺跡山谷還隱藏著未知圖騰捕捉點(diǎn)，需要利用勁力技能推動(dòng)特定石塊才能開啟密室，這些密室分布在不同層級(jí)的岔路中。完成遺跡山谷主線劇情后，可繼續(xù)前往七號(hào)島探索阿斯卡納遺跡。該區(qū)域與六號(hào)島的謎題存在關(guān)聯(lián)性，建議保留游戲進(jìn)度備份以防卡關(guān)。最終返回華藍(lán)市時(shí)，原本封閉的洞穴將開放通往超夢(mèng)所在地的路徑，這是通關(guān)后的重要收尾環(huán)節(jié)。