有一天，當玩家醒來時，發(fā)現自己孤身一人處在一個沒有人類，只有口袋妖怪的世界中，而自己也變成了口袋妖怪。為了尋找原因與恢復的辦法，玩家與同伴組成救援隊，接受來自其它口袋妖怪的委托，在不可思議的迷宮中展開冒險。登場精靈：到第三世代為止的所有精靈全部登場，加上第四世代的小卡比獸，共387只精靈。 第四世代的精靈魔尼尼、愛哭樹、瑪狃拉、路卡利歐作為雕像出現。