根據(jù)目前情報(bào)，本作的故事會(huì)以跟動(dòng)畫(huà)不同的“另一個(gè)世界”為舞臺(tái)發(fā)展。22世紀(jì)突然從網(wǎng)路世界誕生的“情報(bào)生命體”〈Innocent·Cloud〉，操控著各處工廠、發(fā)電廠、公共交通運(yùn)輸系統(tǒng)，以及軍火，開(kāi)始對(duì)人類(lèi)發(fā)起了壓倒性的攻擊行動(dòng)?！碔nnocent·Cloud〉因何而生？又為什么要與人類(lèi)對(duì)立？在致死率極高的生化武器被“它”廣泛使用下，人們失去了高度情報(bào)通訊網(wǎng)、斷了彼此的聯(lián)系，并在世界各地被逼得走投無(wú)路。就在人類(lèi)瀕臨滅亡之際，因尚未高度電子化而幸免感染的兵器之主“Synthetic”被推派出來(lái)，作為士兵向〈Innocent·Cloud〉展開(kāi)反擊。而這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)也將在沒(méi)有人類(lèi)的狀況下，永遠(yuǎn)的陷入膠著之中。――2209年。“你”作為要破壞〈Innocent·Cloud〉的新型兵器，在施打抗毒疫苗后作為指揮官，率領(lǐng)著 Synthetic 們潛入了敵人陣營(yíng)之中。在那里，“你”發(fā)現(xiàn)了一位與巨大機(jī)器相連、瞳孔閃爍著火焰光芒的少女。受到新型兵器暴走攻擊而跌進(jìn)未知空間的“你”和少女，所要面臨的是周回?zé)o數(shù)個(gè)“世界”、開(kāi)始無(wú)止盡的戰(zhàn)斗之旅。