《飛行大作戰(zhàn)2》的敵人是成體系的，稱(chēng)它們搗蛋軍團(tuán)，你能在每一種敵人身上找到或多或少的相同特性，這種設(shè)計(jì)讓游戲更整體，讓你覺(jué)得是在與同一股勢(shì)力對(duì)抗，而不在是雜亂無(wú)章的怪物體系，游戲共有90余個(gè)關(guān)卡，在完成一些關(guān)卡后可以解鎖關(guān)卡后面的寶箱以獲得相應(yīng)的獎(jiǎng)勵(lì)。也可以解鎖成就來(lái)獲得獎(jiǎng)勵(lì)，這使整個(gè)游戲過(guò)程更容易，10種槍械各具特色，3種角色各自擁有不同的屬性設(shè)置。